В настоящее время структура ИРЭИ включает три отделения:
I. Комплексных проблем социально-экономического развития регионов в составе которого выделены:
- отдел социально-экономического развития регионов;
- отдел развития региональных социально-культурных комплексов;
- отдел развития региональных инвестиционно-строительных комплексов;
- отдел нормативно-методического обеспечения процессов управления региональной и муниципальной собственностью;
- отдел проблем развития межрегионального экономического сотрудничества и интеграции Москвы и Московской области;
- отдел-центр научных исследований и информации в сфере бытовых услуг.
II. Экономики регионального природопользования, в составе которого выделены:
- отдел экономико-математического моделирования регионального природопользования;
- лаборатория мониторинга процессов регионального природопользования;
III. Социально-экономических проблем развития жилищного комплекса, транспорта и связи, в составе которого выделены:
- отдел экономики жилищно-коммунального хозяйства;
- отдел жилищной политики и финансово-экономических программ;
- отдел маркетинговых исследований;
- информационный центр;
- сектор транспорта и связи.